分子生物学シンポジウム（1972年12月から1977年12月まで計6回開催）と並行して行われていたワーキンググループによる検討・報告を受け、1978年3月に発起人会が開かれ、日本分子生物学会の設立準備委員会が作られました。
そして実行委員会による会則の決定を経て会員募集を行い、学会発足会を含めた年会の企画準備が進められ、1978年（昭和53年）12月5日に開催された第1回年会の総会において、約600名の会員で本学会は発足しました。
その後、会員は13,000名を超え、年会参加者も7,000名規模の学会となり、より適切な会計処理（本部会計と年会会計の一本化）へ切り替えるに適した法人への移行が決まり、2007年（平成19年）6月19日の法人設立をもって、特定非営利活動法人日本分子生物学会として活動しています。
