分子生物学会ではEMBO（European Molecular Biology Organization/欧州分子生物学機構）の協力を得て、年会でのコラボレーション企画などを行っています。
EMBOはJSTとの間で2023年7月に包括的協力覚書を締結しました。これにより特定のJST事業で支援を受けている日本の研究者が、EMBOの実施するYoung Investigators Programme（生命科学分野の若手研究者を対象に国際ネットワーク形成を支援）やScientific Exchange Grants（EMBOメンバー国等の研究室間における新たな関係構築を目的とした研究室訪問を支援）などのプログラムへ応募できるようになりました。また、日欧の優れた若手研究者によるネットワークの醸成・拡大に向け、JST研究者とEMBO研究者のサイエンスワークショップを通じたマッチメイキング活動も行われています。
〔参考〕
・Global Gateway：欧州分子生物学機構（EMBO）との協力（JST website）
https://www.jst.go.jp/world/ja/researcher/embo.html
（JST-EMBO連携による活動内容紹介・JST研究者向け募集案内・EMBO websiteへのリンク等）
・EMBO SPOTLIGHTS ON JAPAN ACTIVITIES（EMBOより提供）
EMBOのサポートを受けて活躍する日本の研究者の活動事例などを紹介しています。また大隅典子氏（東北大学副学長・EMBO準会員/日本分子生物学会第18期理事長）のインタビュー記事では分子生物学会とEMBOの連携について触れられています。
・サイエンスワークショップシリーズ紹介記事（EMBOより提供）
世界で活躍する欧州の研究者との知見の交換やネットワークの構築・強化の機会として、JSTとEMBOの協力によりこれまでに日欧で計2回開催されています。2026年には第3回ワークショップがYoung Investigator Network Meetingとしてチェコのプラハで開催される予定です（詳細は上記JSTのGlobal Gateway参照）。
